淮安市国家税务局有内设机构13个，直属机构2个，事业单位3个，派驻机构2各及所属机构7个，具体设置如下：

一、内设机构

1、办公室
2、政策法规处
3、流转税管理处
4、所得税管理处
5、国际税务管理处（与开发区国税局合署办公）
6、进出口税收管理处
7、征收管理处
8、计划统计处（与直属分局合署办公）
9、财务管理处
10、人事教育处
11、机关党委办公室
12、监察室
13、办税服务厅

另外，离退休干部办公室（副科级，挂靠人事教育处）

二、直属机构

1、直属税务分局
2、稽查局

三、事业单位

1、信息中心
2、机关服务中心
3、培训中心

四、派驻机构

1、第一税务分局
2、第二税务分局

五、所属机构设置

1、淮阴区国家税务局
2、楚州区国家税务局
3、洪泽县国家税务局
4、涟水县国家税务局
5、金湖县国家税务局
6、盱眙县国家税务局
7、淮安经济开发区国家税务局